①選擇合適的出發(fā)質(zhì)粒

出發(fā)質(zhì)粒也叫親本質(zhì)粒，它應(yīng)含有質(zhì)粒克隆載體bi備的元件，如復制起始位點、選擇標記基因、克隆位點、啟動子和終止子等。

②正確獲得構(gòu)建質(zhì)粒克隆載體的元件

一般采用限制性核酸內(nèi)切酶切割出質(zhì)粒DNA分子，獲得含有某種元件的DNA片段，還可以采用PCR技術(shù)從靶DNA中擴增出含某種元件的特異性DNA片段。

③組裝合適的選擇標記基因

構(gòu)建的質(zhì)粒克隆載體應(yīng)該組裝什么樣的選擇標記基因，必須根據(jù)要轉(zhuǎn)化的受體細胞的特性來決定。

④選擇合適的啟動子

為了構(gòu)建表達質(zhì)粒的克隆載體，必須組裝合適的啟動子，當設(shè)計真核生物的基因須在原核生物中表達式，常改用原核生物或病毒(噬菌體)基因的啟動子，而原核生物基因在真核細胞中表達時，仍可用原核生物基因的啟動子。